Adicione o código abaixo no arquivo function.php do seu tema.
add_action('wpo_wcpdf_after_billing_address', function($template_type, $order){
if($template_type = 'invoice'){
$invoice = wcpdf_get_document( 'invoice', $order );
if($cpf = $invoice->get_custom_field('_billing_cpf')){
echo '<br>CPF: '.$cpf;
}
}
}, 10, 2);
Este código só funciona com o plugin: WooCommerce PDF Invoices & Packing Slips